采用粒子群優化的基因轉錄差異分析模型

高通測序技術可以更加全面地檢測實驗樣本中基因轉錄水平,這使得對樣本間基因轉錄差異的分析精度越來越準確.根據通過DNA高通測序技術獲得的基因轉錄區內Pol Ⅱ蛋白個數,提出了兩個樣本間基因轉錄差異分析模型.該模型在考慮同一基因間轉錄差異的同時,引入了全基因的轉錄分布特性以提高模型分析精度.模型采用預測概率最大化統計算法進行參數求取.在概率最大化步驟中,由于難以得到模型參數解析解和提高算法效率,采用粒子群優化算法直接進行求取模型參數數值解.乳腺癌實驗數據測試表明,該模型可有效分析不同樣本間基因轉錄差異.

作 者： 馮偉興 王科俊   作者單位： 哈爾濱工程大學模式識別與智能系統研究所,哈爾濱,150001  刊 名： 中國生物醫學工程學報  ISTIC PKU 英文刊名： CHINESE JOURNAL OF BIOMEDICAL ENGINEERING  年，卷(期)： 2010 29(2)  分類號： Q332  關鍵詞： 基因   轉錄差異   粒子群   分析模型  

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